『科目マスター』で追加・編集した項目が『科目一覧』や入力画面で反映されていない？時は

「収入」科目として登録したつもりが、「支出科目」として登録されているかもしれません。

①　科目一覧で収入科目・支出科目それぞれを見て、収支が間違っていないかを確認し、

➁　もし間違っていたら、「訂正」で支出と収入を入れ替えてください。

原因：「上書きしてして次へ」などのボタンを多用していると、何かの拍子に入れ替わる場合が考えられます。